Pull to refresh
94
0
Oleg Kovalevskiy @OlegKovalevskiy

User

Send message

3D-печать моделей молекул белка

Reading time 6 min
Views 37K
Итак, мода на 3D-печать докатилась и до нашего скромного заведения, гордо называемого Laboratory of Molecular Biology. Пару недель назад мастерские купили 3D-принтер, чем инициировали бурную дискуссию среди учёных-биологов — чем новая штука может быть полезна. Физиологи, например, уже собрались печатать какие-то сложные детали для нового механизма, призванного тестировать всякие поведенческие реакции у крыс. Мы же занимаемся определением трёхмерной структуры белка методом рентгеноструктурного анализа (и, с некоторых пор, крио-электронной микроскопией) и для нас польза от 3D-печати не столь очевидна. Соответственно, мы порылись в интернете чтобы понять, что народ в плане белковых структур печатает. Получившийся обзорчик с красивыми картинками и видео напечатанных моделей — под катом.


Читать дальше →
Total votes 27: ↑26 and ↓1 +25
Comments 12

ДНК-оригами: как из ДНК делают интересные штуки нанометрового размера

Reading time 12 min
Views 85K
Недавно я обнаружил весьма печальный факт: на Хабре совершенно не освещена такая забавная тема, как ДНК-оригами. Есть только один пост 2009 года, рассказывающий лишь самое начало занимательной истории о том, как из ДНК (да-да, той самой дезоксирибонуклеиновой кислоты, несущей нашу генетическую информацию) можно создавать всякие хитрые, плоские и трехмерные штуки нанометрового размера. Та самая нано-технология, как она есть. В этом обзоре я хочу рассказать о развитии ДНК-оригами: двухмерные смайлики из ДНК, трехмерные фигуры, кристаллы из ДНК с запрограммированной структурой, ДНК-«коробочки» с крышкой, способные нести молекулы нужных веществ и выпускать их после сигнала об открытии крышки, и, наконец, динамические структуры типа ДНК-шагохода (walker), гуляющего по подложке (создатели гордо говорят, что это уже наноробот!). Кто хочет узнать больше о том, зачем все это нужно, почитать о технологиях изготовления красивых нанометровых штук из ДНК или просто посмотреть красивые картинки, добро пожаловать под кат.


Так выглядит ДНК-наноробот

Читать дальше →
Total votes 117: ↑117 and ↓0 +117
Comments 57

Деанонимизация через генетическую информацию

Reading time 11 min
Views 52K
Краткая суть:
В Сети в открытом доступе некоторое время назад появились базы данных с генетической информацией людей (информацией разного уровня детализации — от полных последовательностей (сиквенса) всего генома до ограниченной информации по коротким тандемным повторам Y-хромосомы (Y-STRs). Например, энтузиасты делятся информацией о своих Y-STRs (гаплотип) на генеалогических сайтах для выяснения родственных связей и поиска дальних родственников, эти данные не анонимны. Так же в свободном доступе находится анонимная медицинская генетическая информация, например из научного проекта "1000 геномов человека" (проект по полной расшифровке геномов тысячи разных людей), где анонимность доноров ДНК поддерживается по этическим причинам.

Здесь начинается самое интересное. Генеалогические базы данных (даже весьма плохо заполненные, но тем не менее) позволяют деанонимизировать людей. Например, показано, что в случае искусственного оплодотворения спермой от анонимного донора, использование генеалогических баз данных позволяет узнать по крайней мере фамилию настоящего биологического отца ребенка (то есть через очень дальних родственников, засветившихся в базе, узнать, из какой семьи был донор), а при наличии дополнительной информации, такой, как место проживания и т.п., позволяет однозначно идентифицировать биологического отца. Недавно было показано, что находящиеся в свободном доступе анонимные генетические данные, плюс дополнительная информация о возрасте и т.п., позволяют точно установить личности примерно 50 анонимных доноров ДНК из проекта «1000 геномов человека». Это весьма настораживающее достижение, так как полная генетическая информация этих людей, находящаяся в открытом доступе, содержит данные об их предрасположенности к тем или иным заболеваниям и т.д., она может быть корыстно использована страховыми компаниями и подобными организациями.



Если Вам интересны детали и подробности, добро пожаловать под кат.
Читать дальше →
Total votes 66: ↑66 and ↓0 +66
Comments 133

Структура белка: введение для айтишников

Reading time 17 min
Views 155K
Приятно видеть, что хабравчане регулярно интересуется другими предметными областями – например, биологией (более конкретно – структурой и функцией биологических макромолекул). Однако некоторые посты (например, этот), вызывают у специалиста просто физическую боль из-за обилия совершенно диких фактологических ошибок. В этом посте мне хочется рассказать о структуре и функции белка. О том, что мы знаем и о том, чего не знаем, а так же об имеющихся в этой области вычислительных задачах, требующих решения и интересных IT-специалистам. Постараюсь рассказывать сжато и тезисно, чтобы информации было больше, а воды – меньше. Всех, интересующихся структурой белков, прошу под кат, там очень много букв.
Читать дальше →
Total votes 146: ↑145 and ↓1 +144
Comments 72

Information

Rating
Does not participate
Location
Cambridge, England - East, Великобритания
Registered
Activity