mongoose.connect('mongodb://localhost/myapp', {autoIndex: process.env.NODE_ENV !== 'production'});

1. Стандартное соглашение для именования коллекций MongoDB: название plural в нижнем регистре.
2. Почему бы не добавить virtual атрибут с getter-ом для этого случая? Наверняка ведь он нужен не только для сериализации json.
3. У каждого документа есть виртуальный атрибут id, это строка и его можно сравнивать как строку.

• Типы данных — все необходимые;
• Индексы можно добавлять и удалять в любой момент;
• Максимальный размер одного документа — 16Мб;
• Запросы могут использовать разные индексы для поиска и сортировки, но индексы могут быть составными;
• Транзакций нет, но есть findAndModify.

All arguments provided… must be objects.

I'm reading the Apple iOS security doc: images.apple.com/ipad/business/ … and its amazing because Apple never talks about security in detail like this.

1. с помощью интентов;
2. с помощью AIDL;
3. используя непосредственно объект сервиса (как сингтон).

I wouldn't. Use the loosest possible coupling you can stand. Hence, on average, aim for the command pattern with startService() instead of the binding pattern with bindService().